Experts en bio-informatique

Ce que vous ferez :

• Réaliser des tâches réalistes et en plusieurs étapes d'analyse de données scientifiques en bioinformatique

• Rédiger des questions de bioinformatique originales dont chaque réponse est exacte et objective

• Choisir et anonymiser des données (par exemple, provenant d'archives publiques telles que GEO, SRA/ENA, ArrayExpress, PRIDE, PDB, MGnify ou de vos propres données de laboratoire non publiées) pour que le modèle les analyse

• Utiliser des logiciels scientifiques, du code et des outils en ligne de commande pour générer des analyses reproductibles et des résultats finaux structurés

• Développer un notebook de validation Jupyter, analysant les données en Python ou R, qui reproduit la bonne réponse à votre question

• Interpréter les résultats dans le contexte de la question biologique ou translationnelle sous-jacente, en communiquant clairement les hypothèses, l'incertitude et les conclusions

Ce que nous recherchons :

• Master ou doctorat (ou expérience de recherche équivalente) en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, génétique statistique, biologie quantitative ou dans un domaine étroitement apparenté

• Expérience pratique de l'analyse de données de séquençage et omics (RNA-seq en bulk ou single-cell, WGS/WES, appel de variants, métagénomique, protéomique ou similaire), des lectures brutes jusqu'à l'interprétation

• Expérience avec un ou plusieurs des outils suivants : samtools, bcftools, bedtools, BWA, Bowtie2, BLAST, ainsi que Python (pandas, Biopython, pysam) ou R/Bioconductor (DESeq2, edgeR, limma, GenomicRanges)

• Capacité à rédiger et exécuter des notebooks Jupyter qui reproduisent votre travail à l'identique

• Rédaction scientifique claire et précise

• L'accès à des jeux de données non publiés ou privés que vous avez le droit de partager constitue un atout majeur

• Une connaissance approfondie d'au moins un domaine de niche, tel qu'un organisme non modèle, un test inhabituel ou un domaine spécialisé de l'interprétation génomique, constitue un atout majeur